El 30 de abril de 1877, la Legislatura de Mendoza creaba el departamento de Malargüe, en un área desértica con población de mayoría aborigen no sujeta al control estatal y que el gobierno nacional reclamaba como propio.
En el marco de la Campaña del Desierto, el 21 de abril de 1879, partiría desde el «Fuerte General San Martín» la IV División al mando del teniente coronel Napoleón Uriburu, con los Regimientos 7 y 12 de Caballería, el batallón Nueva Creación, una batería de Artillería de Montaña, primera y segunda compañía de Guardias Nacionales de Caballería y un cuerpo de médicos y otro de ingenieros, sumando un total de 941 efectivos.
La expedición científica del coronel Manuel José Olascoaga, presenciaría en septiembre de 1881 el último gran malón indígena, conformado en su mayoría por mapuches boroanos, a la estancia de Day y Zapata en el territorio de Malalhue, y escribiendo acerca de las correrías en esta zona que supuestamente había sido librada de ellos, comentaba que “las nuevas estancias en la zona eran un aliciente para los ataques”. De esta manera, los mapuches prendieron fuego al llamado «Fuerte Malalhue» y los once ocupantes del fortín perecerían carbonizados, siendo estos los oficiales y algunos soldados que lo custodiaban, además de una mujer y varios niños.
El 16 de enero de 1886, se fundó por decreto la «Villa de Malargüe» sobre la base del fortín «El Alamito», nombre que fue cambiado en virtud de otro decreto del 17 de mayo de 1887 por el de «Villa Coronel Beltrán», al igual que el del departamento, en homenaje al sacerdote que fuera jefe de la maestranza del Ejército de los Andes del general José de San Martín.
Posteriormente, por ley del 26 de mayo de 1892, durante la gobernación de Deoclecio García, se anulaba el «Departamento Coronel Beltrán» que ya llevaba quince años de existencia y cinco con el nuevo nombre, integrándose el territorio como un distrito del entonces «Departamento 25 de mayo», nuevo nombre del de San Rafael, conformándose de esa manera este último, con el departamento mendocino de Malargüe y del futuro departamento General Alvear que lograría su propia administración en 1918.
Por la Ley provincial N° 1.937 del 16 de noviembre de 1950, ejerciendo el gobierno provincial Blas Brísoli, fue restablecido nuevamente pero con nombre diferente, denominándose Departamento Presidente Tte. Gral. J.D.Perón que sería cambiado por el original y actual, luego de la autodenominada Revolución Libertadora de 1955, renombrándolo departamento Malargüe.
